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# 부록 B. Equilibration과 Production Replica

> 단계적 평형화(Stepwise Equilibration)와 Production Replica, Random Seed의 의미를 설명합니다.

## 단계적 평형화 (Stepwise Equilibration)

Production MD를 시작하기 전에 시스템을 목표 온도와 압력 조건에 안정적으로 적응시키는 과정입니다. 처음부터 모든 조건을 한 번에 적용하면 단백질이나 주변 환경이 급격히 변할 수 있습니다. 따라서 초기에는 단백질의 위치를 일정하게 유지하도록 position restraint를 적용하고, 평형화가 진행함에 따라 restraint의 세기를 단계적으로 낮춥니다. 이를 통해 시스템이 목표 온도와 압력 환경에 서서히 적응하면서 안정화되도록 합니다.

<Tip>
  CANDDIE는 시스템이 안정적으로 평형에 도달할 수 있도록 단계별 Equilibration 최적화된 설정 값을 제공합니다. 그대로 사용하시는 것을 권장합니다. (단, 베타 테스트 기간에는 예외적으로 간소화된 버전으로 제공됩니다.)
</Tip>

## Production Replica와 Random Seed

Production을 시작할 때 각 원자에는 설정된 온도에 해당하는 초기 속도(initial velocity)가 무작위로 부여됩니다. 이때 사용되는 난수 시드(random seed)를 replica마다 다르게 설정하기 때문에, 동일한 구조와 simulation 조건에서도 각 replica는 서로 다른 궤적(trajectory)을 생성합니다. 하나의 궤적만으로는 특정 결과가 우연히 나타난 것인지 판단하기 어려우므로, 여러 replica를 수행하여 결과의 평균과 replica간 편차를 함께 확인합니다.

<Tip>
  Report에서 세 replica가 유사한 경향을 보이면 재현성 있는 결과로 해석할 수 있습니다. 반대로 replica간 차이가 크다면 시스템의 sampling이 충분하지 않을 가능성이 있으므로, 더 긴 simulation 또는 추가 replica가 필요한지 검토할 수 있습니다.
</Tip>