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# 부록 E. Report 분석 항목

> RMSD, RMSF, Binding ΔH, Residue ΔH, Binding Mode & Interface 등 Report 화면의 각 분석 항목이 의미하는 바를 설명합니다.

## RMSD (Root Mean Square Deviation)

기준 구조와 비교하여 **원자 위치가 평균적으로 얼마나 달라졌는지**를 시간에 따라 보여주는 지표입니다. Production 동안 단백질이 전체적으로 안정된 구조를 유지하는지, ligand가 초기 binding pose에서 크게 벗어나지 않고 유지되는지를 확인할 수 있습니다.

<Tip>
  Protein Cα는 단백질 전체 골격의 안정성을, TM Helices는 막 관통 영역의 안정성을 확인하는 데 사용합니다. Ligand RMSD가 크게 증가한 뒤 높은 값이 지속되면 binding pose가 크게 변했거나 binding site에서 이탈했을 가능성을 확인하십시오.
</Tip>

## RMSF (Root Mean Square Fluctuation)

각 잔기가 simulation 동안 **자신의 평균 위치에서 얼마나 움직였는지**를 잔기 순서에 따라 보여줍니다. RMSD가 시간에 따른 전체 구조 변화를 보는 지표라면, RMSF는 \*\*잔기별 유연성(flexibility)\*\*을 비교하는 지표입니다. 일반적으로 표면 loop와 말단은 RMSF가 높고, 구조적으로 안정된 코어 영역은 낮게 나타납니다.

<Tip>
  Binding site 잔기의 RMSF가 낮게 유지되면 해당 영역이 비교적 안정적으로 유지되고 있음을 의미하며, ligand interaction에 의한 안정화 가능성을 함께 검토할 수 있습니다.
</Tip>

## Binding ΔH (결합 엔탈피)

리간드와 단백질 사이의 결합에 따른 **에너지적 기여**를 나타내며, 일반적으로 값이 더 음수일수록 energetically favorable한 interaction을 의미합니다. **Polar interaction**은 주로 정전기적 상호작용을, **Nonpolar interaction**은 주로 van der Waals 상호작용을 반영하므로 두 성분을 비교하여 결합의 특성을 파악할 수 있습니다.

<Tip>
  ΔH는 엔트로피 기여가 포함되지 않으므로 **결합 자유에너지(ΔG)나 실험값과 직접 비교할 수 없습니다.** 동일한 표적과 분석 조건에서 화합물간 상대적인 에너지 경향을 비교하는 용도로 활용하십시오.
</Tip>

## Residue ΔH (잔기별 엔탈피)

Binding ΔH를 **잔기별로 분해하여 각 잔기의 에너지 기여도**를 보여주는 분석입니다. 기여도가 큰 상위 잔기를 통해 ligand binding에 중요한 잔기 후보를 확인하고, Polar와 nonpolar 성분을 비교하여 해당 잔기의 interaction 특성을 파악할 수 있습니다.

<Tip>
  Ligand의 어떤 부위를 polar 또는 nonpolar한 방향으로 최적화할지 판단하는 참고 자료로 활용할 수 있습니다. 개별 값 자체보다는 residue 간 상대적인 기여도와 순위를 중심으로 해석하는 것이 적절합니다.
</Tip>

## Binding Mode & Interface

리간드와 각 잔기 사이의 **상호작용이 전체 trajectory(궤적)에서 얼마나 지속적으로 나타났는지**를 Contact frequency로 보여줍니다. 값이 높을수록 해당 contact가 simulation 동안 자주 유지되었음을 의미합니다. 또한 Salt Bridge, H-bond, π-Cation, π-Stacking, VDW 등 interaction type별로 구분하여 어떤 형태의 상호작용이 binding mode를 유지하는지 확인할 수 있습니다.

<Tip>
  Residue ΔH와 Binding Mode & Interface를 함께 해석하면 에너지 기여를 실제 구조적 interaction과 연결할 수 있습니다. 예를 들어 Polar 기여가 큰 residue에서 H-bond 또는 Salt Bridge가 지속적으로 관찰되는지, Nonpolar 기여가 큰 residue에서 VDW 또는 π interaction이 유지되는지를 함께 확인하십시오.
</Tip>