# CANDDIE Docs

- [Tutorial 01 - GLP-1R:Orforglipron 복합체의 MD Only 시뮬레이션](https://docs.canddie.com/about/tutorial-01-glp1r-md.md): CANDDIE를 이용해 GLP-1R:Orforglipron 복합체의 MD Only 시뮬레이션을 Project 생성부터 결과 분석까지 단계별로 진행합니다.
- [부록 A. Project — 구조 준비 항목](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-a-project-preparation.md): SS-bond, Homology, Protonation 등 Protein Preparation 단계에서 자동 처리되는 구조 준비 항목을 설명합니다.
- [부록 B. Equilibration과 Production Replica](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-b-equilibration-replica.md): 단계적 평형화(Stepwise Equilibration)와 Production Replica, Random Seed의 의미를 설명합니다.
- [부록 C. Equilibration의 계단식 RMSD](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-c-stepwise-rmsd.md): Equilibration 단계에서 RMSD가 계단 형태로 나타나는 이유와 이것이 정상적인 현상인 이유를 설명합니다.
- [부록 D. Report 분석 항목](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-d-report-metrics.md): RMSD, RMSF, Binding ΔH, Residue ΔH, Binding Mode & Interface 등 Report 화면의 각 분석 항목이 의미하는 바를 설명합니다.
- [부록 E. Free Energy 계산 모듈](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-e-free-energy-modules.md): BARon, MM-GBSA, MM-PBSA 세 가지 Free Energy 계산 모듈의 원리와 활용 상황을 설명합니다.
- [부록 F. Allopiper (Allosteric Communication Pipeline, ACP)](https://docs.canddie.com/appendix/appendix-f-allopiper.md): Biased Signaling을 예측하는 CANDDIE의 자체 분석 모듈 Allopiper의 원리와 Bias index 해석 방법을 설명합니다.