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SS-bond (이황화 결합)

두 cysteine 잔기의 황(S) 원자 사이에 형성되는 S-S 공유 결합으로, 단백질의 3차원 구조를 안정적으로 유지하는 데 중요한 역할을 합니다. MD simulation에서는 이러한 결합을 사전에 올바르게 지정해야 하며, 누락될 경우 실제 구조에서 연결되어 있어야 할 두 영역이 벌어지면서 구조가 불안정해질 수 있습니다. 특히 GLP-1R과 같은 Class B GPCR의 Extra Cellular Domain(ECD, 세포외 도메인)에서는 SS-bond가 ECD의 접힌 구조를 안정적으로 유지하는 데 중요합니다.
일반적으로 자동 검출된 SS-bond 목록을 그대로 사용하는 것을 권장합니다. 다만 알려진 실험 구조나 문헌의 SS-bond 정보와 다르거나, chain 사이의 결합이 검출된 경우에는 구조를 확인한 후 설정하십시오.

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Homology (결손 구간 처리)

실험 구조에서는 말단이나 유연한 loop 영역의 좌표가 관측되지 않아 일부 잔기가 빠져 있는 경우가 있습니다. 이러한 결손으로 사슬이 끊긴 지점을 그대로 MD에 사용하면, 해당 위치가 새로운 말단으로 인식되어 실제로는 존재하지 않는 말단 전하가 단백질 내부에 생성될 수 있습니다. 이로 인해 주변 잔기의 상호작용이나 국소 구조가 비정상적으로 변할 수 있습니다.
CANDDIE는 누락된 구간의 길이에 따라 처리 방식을 나눕니다. 빠진 residue가 10개 미만인 짧은 구간은 homology modeling으로 결손 부위를 채워주고, 10개 이상 끊어진 구간은 새로 만들어 채우지 않고 그 지점에 terminal patching을 적용합니다. 끊어진 지점의 말단을 중성 상태로 처리하여, 인위적인 말단 전하가 MD simulation에 미치는 영향을 최소화하는 방식입니다.

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Protonated residues (양성자화 상태)

X-ray 구조에는 일반적으로 수소의 좌표가 포함되지 않으므로, MD simulation을 시작하기 전에 설정한 pH 조건에서 각 잔기의 양성자화(protonation) 상태를 결정해야 합니다. 특히 히스티딘 잔기는 pKa가 생리적 pH와 가까워, 양성자화 상태에 따라 전하와 수소결합의 donor/acceptor 특성이 달라질 수 있습니다. 따라서 ligand binding site에 위치한 histidine의 상태가 달라지면 ligand와의 interaction이나 binding mode에도 영향을 줄 수 있습니다.
목록에 표시된 잔기 중 ligand binding site에 위치한 잔기가 있는지 확인하는 정도로 충분합니다. 특별한 실험적 근거나 연구 목적이 없다면 기본 설정인 pH 7.4를 유지하는 것을 권장합니다.