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SDF 파일의 구조

SDF(Structure Data File)는 화합물의 원자 좌표와 결합 정보, 화합물 이름 등의 부가 정보를 함께 담고 있는 텍스트 파일입니다. 하나의 파일 안에 여러 화합물을 순서대로 담을 수 있으며, 각 화합물의 정보는 네 개의 달러 기호($$$$)만 적혀 있는 줄로 구분됩니다. 따라서 두 개의 SDF 파일을 합치는 작업은 별도의 전문 프로그램 없이 텍스트를 그대로 이어 붙이는 것만으로 충분합니다.

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RCSB PDB에서 리간드 SDF 내려받기

RCSB PDB에서 리간드 SDF 다운로드
리간드의 SDF 파일은 RCSB PDB(https://www.rcsb.org)에서 직접 내려받을 수 있습니다. 아래에서는 GLP-1R 구조에 결합한 두 개의 저분자 작용제를 예로 설명합니다. PDB ID 6XOX에는 LY3502970(orforglipron)이 리간드 ID V6G로, PDB ID 7LCI에는 PF-06882961(danuglipron)이 리간드 ID UK4로 등록되어 있습니다.
  1. 웹 브라우저에서 https://www.rcsb.org에 접속한 후, 화면 상단 검색창에 PDB ID(예: 6XOX)를 입력하고 Enter를 누릅니다.
  2. 구조 요약 페이지가 열리면 화면 스크롤을 아래로 내려 해당 구조에 포함된 리간드 목록을 확인합니다. 6XOX에서는 V6G, 7LCI에서는 UK4가 분석 대상 리간드입니다.
  3. 목록에서 리간드 ID 아래의 Instance Coordinates를 클릭한 뒤, SDF format을 선택합니다.

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메모장으로 SDF 파일 두 개 합치기

아래 과정은 Windows에 기본으로 설치되어 있는 메모장(Notepad)만으로 진행할 수 있으며, 별도의 프로그램을 설치하지 않아도 됩니다. 원본 파일이 손상되지 않도록 먼저 사본을 만들어 두고 시작하십시오.
메모장으로 SDF 파일 열고 전체 복사
  1. 합칠 두 파일의 사본을 만들어 바탕화면에 새로 만든 폴더 안에 함께 모아 둡니다.
  2. 첫 번째 파일을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭한 후 [연결 프로그램] > [메모장]을 선택합니다. 목록에 메모장이 보이지 않으면 [다른 앱 선택]에서 찾을 수 있습니다.
  3. 키보드의 Ctrl + End를 눌러 문서의 맨 끝으로 이동합니다. 마지막 줄이 $$$$로 끝나 있는지 확인하고, 그 뒤에 빈 줄이 없으면 Enter를 한 번 눌러 줄을 바꿉니다.
  4. 두 번째 파일도 같은 방법으로 메모장으로 열고, Ctrl + A(전체 선택)를 누른 다음 복사(Ctrl + C)를 합니다.
첫 번째 파일에 붙여넣기
  1. 첫 번째 파일 창으로 돌아와 Ctrl + V(붙여넣기)를 누릅니다. 이제 두 파일의 화합물 정보가 하나의 문서에 이어져 있습니다.
다른 이름으로 저장하여 SDF 확장자로 저장
  1. [파일] > [다른 이름으로 저장]을 선택하고, 파일 형식을 [모든 파일(.)]로 바꾼 뒤 파일 이름을 .sdf와 같이 확장자까지 직접 입력하여 저장합니다.
세 개 이상의 파일을 합칠 때도 4~5번 과정을 반복하면 됩니다. 합친 파일을 CANDDIE에 업로드한 후 Library 목록에 표시되는 화합물 개수가 예상한 개수와 같은지 확인하면, 누락 없이 합쳐졌는지 간단히 점검할 수 있습니다.
워드(Word)나 한글처럼 서식이 있는 문서 프로그램으로 열어 저장하면 눈에 보이지 않는 서식 정보가 함께 저장되어 파일이 정상적으로 인식되지 않을 수 있습니다. SDF 파일은 반드시 메모장과 같이 서식이 없는 텍스트 편집기로 편집하십시오. 또한 $$$$ 구분 선을 지우거나 화합물 정보 중간에 빈 줄을 추가하지 않도록 주의하십시오.