SDF 파일의 구조
SDF(Structure Data File)는 화합물의 원자 좌표와 결합 정보, 화합물 이름 등의 부가 정보를 함께 담고 있는 텍스트 파일입니다. 하나의 파일 안에 여러 화합물을 순서대로 담을 수 있으며, 각 화합물의 정보는 네 개의 달러 기호($$$$)만 적혀 있는 줄로 구분됩니다. 따라서 두 개의 SDF 파일을 합치는 작업은 별도의 전문 프로그램 없이 텍스트를 그대로 이어 붙이는 것만으로 충분합니다.
RCSB PDB에서 리간드 SDF 내려받기
리간드의 SDF 파일은 RCSB PDB(https://www.rcsb.org)에서 직접 내려받을 수 있습니다. 아래에서는 GLP-1R 구조에 결합한 두 개의 저분자 작용제를 예로 설명합니다. PDB ID 6XOX에는 LY3502970(orforglipron)이 리간드 ID V6G로, PDB ID 7LCI에는 PF-06882961(danuglipron)이 리간드 ID UK4로 등록되어 있습니다.
- 웹 브라우저에서 https://www.rcsb.org에 접속한 후, 화면 상단 검색창에 PDB ID(예: 6XOX)를 입력하고 Enter를 누릅니다.
- 구조 요약 페이지가 열리면 화면 스크롤을 아래로 내려 해당 구조에 포함된 리간드 목록을 확인합니다. 6XOX에서는 V6G, 7LCI에서는 UK4가 분석 대상 리간드입니다.
- 목록에서 리간드 ID 아래의 Instance Coordinates를 클릭한 뒤, SDF format을 선택합니다.
메모장으로 SDF 파일 두 개 합치기
아래 과정은 Windows에 기본으로 설치되어 있는 메모장(Notepad)만으로 진행할 수 있으며, 별도의 프로그램을 설치하지 않아도 됩니다. 원본 파일이 손상되지 않도록 먼저 사본을 만들어 두고 시작하십시오.
- 합칠 두 파일의 사본을 만들어 바탕화면에 새로 만든 폴더 안에 함께 모아 둡니다.
- 첫 번째 파일을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭한 후 **[연결 프로그램] > [메모장]**을 선택합니다. 목록에 메모장이 보이지 않으면 [다른 앱 선택]에서 찾을 수 있습니다.
- 키보드의 Ctrl + End를 눌러 문서의 맨 끝으로 이동합니다. 마지막 줄이 $$$$로 끝나 있는지 확인하고, 그 뒤에 빈 줄이 없으면 Enter를 한 번 눌러 줄을 바꿉니다.
- 두 번째 파일도 같은 방법으로 메모장으로 열고, **Ctrl + A(전체 선택)를 누른 다음 복사(Ctrl + C)**를 합니다.
- 첫 번째 파일 창으로 돌아와 **Ctrl + V(붙여넣기)**를 누릅니다. 이제 두 파일의 화합물 정보가 하나의 문서에 이어져 있습니다.
- **[파일] > [다른 이름으로 저장]**을 선택하고, **파일 형식을 [모든 파일(.)]**로 바꾼 뒤 파일 이름을 .sdf와 같이 확장자까지 직접 입력하여 저장합니다.
세 개 이상의 파일을 합칠 때도 4~5번 과정을 반복하면 됩니다. 합친 파일을 CANDDIE에 업로드한 후 Library 목록에 표시되는 화합물 개수가 예상한 개수와 같은지 확인하면, 누락 없이 합쳐졌는지 간단히 점검할 수 있습니다.
워드(Word)나 한글처럼 서식이 있는 문서 프로그램으로 열어 저장하면 눈에 보이지 않는 서식 정보가 함께 저장되어 파일이 정상적으로 인식되지 않을 수 있습니다. SDF 파일은 반드시 메모장과 같이 서식이 없는 텍스트 편집기로 편집하십시오. 또한 $$$$ 구분 선을 지우거나 화합물 정보 중간에 빈 줄을 추가하지 않도록 주의하십시오.
